Kłajpeda jest jedynym portem morskim na terytorium:

Port w Kłajpedzie – port morski zlokalizowany w Kłajpedzie na Litwie. Jest to jeden z niewielu portów w północnej części Europy, który nie ma problemów z zalodzeniem. Jednocześnie jest on największym portem litewskim. Przyjmuje on statki wycieczkowe i towarowe. Posiada regularne połączenia promowe z Kilonią, Sztokholmem i innymi europejskimi miastami.