Celem projektu MKUltra było zbadanie możliwości sterowania pracą ludzkiego mózgu z wykorzystaniem substancji chemicznych (w tym środków psychodelicznych, m.in. LSD), bodźców elektrycznych, analizy fal mózgowych i form percepcji podprogowej. Według wielu relacji badania były często brutalne i odbywały się także na nieświadomych ich celu obywatelach USA, czasem z tragicznymi skutkami.