W 1886 rada miejska Krakowa zadecydowała o wyburzeniu budynków klasztornych i Kościoła Ducha Świętego w Krakowie, aby uzyskać miejsce pod budowę teatru im Juliusza Słowackiego . Mimo sprzeciwu wielu znanych osobistości (w tym Jana Matejki, który po bezskutecznej obronie świątyni zrzekł się honorowego obywatelstwa miasta Krakowa i zapowiedział, że nie będzie już nigdy wystawiać swych obrazów w Krakowie) zburzono najpierw klasztor, a w 1892 także kościół i szpital.