Antybiotyk działając przeciwbakteryjnie nieszczy nie tylko na mikroorganizmy wywołujące chorobę, ale także na "nasze" dobroczynne bakterie występujące naturalnie w przewodzie pokarmowym człowieka. Są one florą fizjologiczną i pełnią szereg pozytywnych funkcji, dlatego należy je uzupełniać podczas stosowania antybiotyku. Ich niedobór może powodować pojawienie się biegunek poantybiotykowych.