Dunaj nie przepływa przez Czechy, główną rzeką Czech jest Wełtawa oraz Łaba. Przez pozostałe przepływa Dunaj. Dunaj jest jedyną w Europie większą rzeką, która płynie z zachodu na wschód. Po przepłynięciu 2888 km na pograniczu Rumunii i Ukrainy uchodzi do Morza Czarnego.