Perłoródka rzeczna dawniej występowała pospolicie w wodach Europy, wyginęła na wielu stanowiskach, w tym także w Polsce, gdzie żyła w potokach sudeckich, na Dolnym Śląsku, a nawet w centralnej części kraju (w Bzurze). Ze względu na zanikanie populacji i zmniejszanie liczebności perłoródki rzecznej praktycznie na całym obszarze występowania gatunek ten został ujęty jako zagrożony (EN) w Czerwonej Księdze IUCN.