Najdłuższą rzeką Macedonii Północnej jest Wardar (320 km długości), którego największymi dopływami są Treska, Pczińa, Bregałnica i Crna Reka. Poza tym terytorium Macedonii Płn. odwadniają jeszcze Drin i Strumica. Wardar i Strumica należą do zlewiska Morza Egejskiego, Drin – do zlewiska Morza Adriatyckiego.