Największymi portami Zatoki Maklemburskiej są hanzatyckie miasta Lubeka, Rostock i Wismar. W XIV wieku Lubeka stała się „Królową Hanzy”, będąc zdecydowanie największym i najsilniejszym członkiem tej średniowiecznej organizacji handlowej. Nazwa miasta Rostock pochodzi z języka Słowian połabskich, gdzie słowo rostok (pol. roztoka) oznacza miejsce w którym rozpływa się nurt rzeki.