Javier Zanetti był kapitanem Interu, w którym grał od 1995 do 2014.Z mediolańską drużyną zdobył Puchar Ligi Mistrzów, Puchar UEFA, Klubowe Mistrzostwa Świata, 3 razy Puchar Włoch i 3 Superpuchary Włoch oraz 5 razy Mistrzostwo Włoch. Rozegrał ponad 800 spotkań w drużynie z Mediolanu. W klubie nosił na koszulce numer 4, który zastrzeżono po końcu jego kariery .