Wacław II zmarł 21 czerwca 1305 na gruźlicę po długiej chorobie. Śmierć króla w młodym wieku (miał 33 lata), w połączeniu z tragiczną śmiercią syna w niecały rok później, wzbudziła wśród współczesnych podejrzenie jej nienaturalności. Brak jednak na to dowodów. Został pochowany w Zbrasławiu, dzielnicy Pragi.