W latach 1991–1999 Wojciech Kowalczyk w reprezentacji Polski wystąpił w 39 meczach zdobywając 11 goli. Ostatnią jego bramką była strzelona 10 lutego 1999 roku w zremisowanym 1:1 meczu z Finlandią. Była to zarazem 1000 bramka reprezentacji Polski w meczu oficjalnym [strzelił ją w 1 minucie spotkania].