Najstarszą kryptą jest krypta św. Leonarda (1090-1117). Spoczywają w niej: Król Jan III Sobieski (obecny sarkofag jest fundacją ostatniego monarchy Stanisława Augusta Poniatowskiego z okazji 100. rocznicy zwycięstwa pod Wiedniem), królowa Maria Kazimiera, król Michał Korybut Wiśniowiecki.