Według legendy flaga spadła z nieba 15 czerwca 1219 w czasie krucjaty liwońskiej duńskiego króla Waldemara II do Estonii. Z nią w ręku wygrał bitwę niedaleko dzisiejszego Tallinna (tarcza herbu mniejszego tego miasta zresztą przedstawia także biały krzyż na czerwonym tle). Przyjmuje się, że jest ona najstarszą spośród używanych obecnie w Europie flag suwerennych państw (pierwsza wzmianka w roku 1481). Flaga posiada różne wersje, a ich używanie jest ściśle regulowane prawem.