Apoptoza różni się od nekrozy tym, że jest to zorganizowany proces (tzw. programowana śmierć komórki), pobudzany przez odpowiednie sygnały. Natomiast nekroza jest spowodowana uszkodzeniami błony komórki (np. przez metale ciężkie), co sprawia że jej zawartość wylewa się na zewnątrz, powodując tym samym stany zapalne okolicznych tkanek. Zjawisko to nie występuje w apoptozie.