Malaria jest wywoływana przez pierwotniaki z rodzaju Plasmodium. U człowieka są to cztery gatunki: P. falciparum, P. malariae, P. ovale i P. vivax. Ten ostatni jest najczęstszym czynnikiem etiologicznym malarii w skali światowej, odpowiadając za około 80% zachorowań. Jednak P. falciparum uważany jest za istotniejszy patogen, wprawdzie odpowiedzialny tylko za 15% zachorowań, ale aż za 90% zgonów. Pasożytnicze gatunki z rodzaju Plasmodium zarażają też ptaki, gady, małpy i gryzonie.