Coimbra została stolicą Portugalii w 1139 roku, gdy Alfons I Zdobywca przyjął tytuł pierwszego króla Portugalii i uzyskał niepodległość swego państwa od Leónu i Kastylii. Dopiero w 1255 r. stolicę przeniesiono do Lizbony. Coimbra to najważniejszy ośrodek życia akademickiego w Portugalii, mieści się tu najstarszy uniwersytet w kraju założony w 1290 roku.