Endocytoza dzieli się na fagocytozę, pinocytozę, potocytozę i transcytozę. Fagocytoza polega na włączeniu do wnętrza komórki stałych elementów (takich jak np. bakterie czy pozostałości po innych komórkach) do jej wnętrza. Związana jest z tworzeniem fagosomów. Substancja zamknięta w obrębie fagosomu transportowana jest do lizosomów. Pinocytoza nakierunkowana jest na pobieranie cząsteczek rozpuszczonych w płynach fizjologicznych. Zarówno fagocytoza jak i pinocytoza przebiegają z wytworzeniem się pęcherzyków - fagosomów i pinosomów.