Nowo wybrany parlament wybrał go w maju 1994 prezydentem RPA – pierwszym czarnoskórym prezydentem w historii tego kraju. Pełnił ten urząd od 10 maja 1994 do 16 czerwca 1999 roku, w okresie pokojowego odejścia od apartheidu. Zdobył międzynarodowe uznanie – wspólnie z de Klerkiem otrzymał w 1993 roku Pokojową Nagrodę Nobla.