Karakorum ma swój początek w 1220 roku, kiedy założył je Czyngis-chan na terenie dawnej bazy wojskowej. W 1234 roku wielki chan Ugedej uczynił Karakorum stolicą imperium mongolskiego. W 1264 chan Kubilaj przeniósł stolicę do Zhongdu (Pekin) zwanego odtąd Chanbałyk – Miasto Chana. W 1388 Karakorum zostało zdobyte i częściowo zniszczone przez wojska chińskie. Jako część krajobrazu obrazowego Doliny Orchon, ruiny Karakorum zostały wpisane na listę światowego dziedzictwa UNESCO.