Sztuka hodowli bonsai mimo, że jest kojarzona głównie z Japonią pochodzi z Chin, gdzie jest nazywana penjing lub penzai. Według źródeł Japończycy włączyli ją do swych tradycji w VIII wieku n.e. Pierwszy wiersz mówiący o bonsai pochodzi z połowy XIV w., jednak najwcześniejsze rysunki pochodzą ze skryptów z 1309 roku. W przeszłości sztuką tą zajmowali się jedynie ludzie wysoko urodzeni.