Isabel Barreto uczestniczyła w ekspedycji męża, Álvaro de Mendaña de Neyra, która odkryła wyspy Markizy, a następnie Wyspy Santa Cruz (1595r.). W trakcie wyprawy wśród marynarzy wybuchła epidemia malarii, która zabiła także de Mendañę. Przed śmiercią dowódca wyprawy przekazał cały swój majątek i wszystkie swoje urzędy żonie. Po śmierci brata Lorenza w połowie listopada Barreto przejęła dowództwo nad flotyllą jako pierwsza kobieta-admirał w Hiszpanii.